在符合报名资格的前提下，通过参与2024南京半程马拉松并获得直通2024南京马拉松名额的选手，报名参加马拉松项目可免于抽。
大众运动员抽签结果公布后，9月25日10:00-10月25日17:00组委会将发布公益项目报名通道，本次赛事马拉松项目开放1000个公益名额，报满截止，选报公益名额的运动员可免于抽签，直接获得参赛资格。公益名额一经确认，不接受退出。
南京马拉松设置了9大类直通规则，具体直通类型及具体规定详见正文。比赛日期及出发时间为2024年11月17日（周日）7:30。
在报名本届赛事马拉松项目的所有选手中，按照年龄段、性别进行分组，并根据“中国马拉松”网站可查询到的任意经田协认证为“A1类赛事”且举办日期在2022年9月1日至2024年8月31日的赛事成绩对每个分组报名选手进行排名，每个分组前100名的选手将直通2024南京马拉松。按2024减出生年划分年龄组，各分组具体直通人数如下：
在符合报名资格的前提下，参加最近连续七届南京马拉松全程项目且完赛的马拉松选手，如在2024年继续报名参加马拉松项目可免于抽签，直接获得参赛资格。
报名马拉松项目的选手，根据其“中国马拉松”网站可查询到的任意经田协认证为“A1类赛事”且举办日期在2022年9月1日至2024年8月31日的赛事中，男子马拉松项目最好成绩在3小时（不含）以内的，女子马拉松项目最好成绩在3小时20分（不含）以内的，直通2024南京马拉松。报名时无需上传成绩证明，组委会将在预报名工作结束后向“中国马拉松”网站集中查询选手历史成绩。
在符合报名资格的前提下，已获得南京马拉松永久号的选手，在2024年继续报名参加马拉松项目可免于抽签，直接获得参赛资格。